본 교단은 1901년 시작된 조선예수교장로회 공의회를 모체로 시작된 총회가 1938년 9월 9일, 제27회 조선예수교장로회 총회에서 신사참배를 국가의식으로 규정하고 힘써 지키기로 가결함에 따라 이 치욕의 역사를 반대한 이계실 목사와 5개 교회(덕천교회, 동상리교회, 기곡교회, 장흥교회, 상수리교회) 성도들이 함남노회(1921. 함남 함주군 동천면 풍서리 덕천교회설립)를 탈퇴(1938.9.10.)함으로 그 초석이 놓여지게 되었습니다.

1950.6.25사변이 일어난 그 해 겨울(1.4후퇴 이전), 12.20 흥남철수 대작전 시 이계실목사가 인도하던 5개 교회와 본궁교회 교우들, 130여명은 미연합군의  구원선 미 해군 수륙함정 LST호와 미 상선 메러디스 빅토리호를 타고 흥남을 엑소도스(exdous)한 후, 거제도 연초면 연사리로 이주 연합덕천교회를 세우고, 1954년 3월 23일 거제도를 떠나 부산 문현동(545번지)으로, 1955년 3월 서울 신길동(107번지)으로 이주, 모(母) 교회인 동천교회 남여전도회를 중심으로 교회들을 개척 헌신한 결과, 오늘의 대한예수교장로회 총회(순장) 시대를 열게 되었습니다. 현재 국내에 남부노회, 동부노회, 중부노회 등 3개 노회와 해외에 북미주, 대양주 등 2개 노회로 구성되었고, 목회자와 평신도 지도자 양성기관으로 서울성경신학대학원대학교를 설립(1992.2.22.), 오늘에 이르고 있습니다.

본 교단은 선조들의 순교자적 일사각오의 신앙정신 계승과 서울성경신학대학원대학교를 통해 칼빈주의에 입각한 청교도 개혁주의 신학(Reformed Theology)을 근본 신앙으로 하며, 웨스트민스터신앙고백서와 대소교리 문답을 교리적 표준으로 삼고, 장로교 헌법의 정치원리를 가지며, 교회의 전통과 권위 및 질서를 지킬뿐만 아니라 전수시킴으로써 현재 한국교회앞에서 거룩한 책임과 의무를 다하고 앞으로도 이 시대의 그루터기(사 6:13)로써 그 자리를 더욱 견고하게 해나갈 것입니다.

본 교단은 ‘대한예수교장로회 총회’라고 칭하며,
영어 명칭은 ‘The General Assembly of Pure Presbyterian Church in Korea’ 약칭 ‘PPCK’로 표기합니다.